BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Appendix C. NCBI-BLAST Scoring Schemes

`Statistical parameters for gapped alignment are determined empirically from random sequence alignments. NCBI-BLAST provides several combinations of scoring matrices and gap costs. These are the only combinations of gap penalties that can be used with a given matrix. The default values for each matrix are in boldface in the following table. If your BLAST distribution doesn't have all the listed matrices, you can find more at ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices.

C.1 NCBI-BLAST Matrices and Gap Costs

Matrix

G

E

l

K

H

BLOSUM62

32767

32767

0.318

0.134

0.401

 

11

2

0.297

0.082

0.27

 

10

2

0.291

0.075

0.23

 

12

1

0.283

0.059

0.19

 

9

2

0.279

0.058

0.19

 

8

2

0.264

0.045

0.15

 

11

1

0.267

0.041

0.14

 

10

1

0.243

0.024

0.10

 

7

2

0.239

0.027

0.10

 

6

2

0.201

0.012

0.061

 

9

1

0.206

0.010

0.052

BLOSUM80

32767

32767

0.343

0.177

0.657

 

25

2

0.342

0.17

0.66

 

13

2

0.336

0.15

0.57

 

9

2

0.319

0.11

0.42

 

11

1

0.314

0.095

0.35

 

8

2

0.308

0.090

0.35

 

10

1

0.299

0.071

0.27

 

7

2

0.293

0.070

0.27

 

9

1

0.279

0.048

0.20

 

6

2

0.268

0.045

0.19

BLOSUM90

32767

32767

0.335

0.190

0.755

 

9

2

0.310

0.12

0.46

 

11

1

0.302

0.093

0.39

 

8

2

0.300

0.099

0.39

 

7

2

0.283

0.072

0.30

 

10

1

0.290

0.075

0.28

 

6

2

0.259

0.048

0.22

 

9

1

0.265

0.044

0.20

BLOSUM50

32767

32767

0.232

0.112

0.336

 

16

2

0.215

0.066

0.20

 

13

3

0.212

0.063

0.19

 

19

1

0.212

0.57

0.18

 

15

2

0.210

0.058

0.17

 

12

3

0.206

0.055

0.17

 

18

1

0.207

0.050

0.15

 

14

2

0.202

0.045

0.14

 

11

3

0.197

0.042

0.14

 

17

1

0.198

0.037

0.12

 

13

2

0.193

0.035

0.12

 

10

3

0.186

0.031

0.11

 

16

1

0.186

0.025

0.10

 

12

2

0.181

0.025

0.095

 

9

3

0.172

0.022

0.082

 

15

1

0.171

0.015

0.063

BLOSUM45

32767

32767

0.229

0.092

0.251

 

13

3

0.207

0.049

0.14

 

16

2

0.210

0.051

0.14

 

15

2

0.203

0.041

0.12

 

19

1

0.205

0.040

0.11

 

12

3

0.199

0.039

0.11

 

18

1

0.198

0.032

0.10

 

14

2

0.195

0.032

0.10

 

11

3

0.190

0.031

0.095

 

13

2

0.185

0.024

0.084

 

17

1

0.189

0.024

0.078

 

10

3

0.179

0.023

0.075

 

16

1

0.176

0.016

0.063

 

12

2

0.171

0.016

0.061

PAM250

32767

32767

0.218

0.0877

0.287

 

15

3

0.205

0.049

0.13

 

17

2

0.204

0.047

0.12

 

14

3

0.200

0.043

0.12

 

21

1

0.204

0.045

0.11

 

16

2

0.198

0.038

0.11

 

20

1

0.199

0.037

0.10

 

13

3

0.194

0.036

0.10

 

15

2

0.191

0.031

0.087

 

12

3

0.186

0.029

0.085

 

19

1

0.192

0.029

0.083

 

14

2

0.182

0.024

0.073

 

18

1

0.183

0.021

0.070

 

11

3

0.174

0.020

0.070

 

13

2

0.171

0.017

0.059

 

17

1

0.171

0.014

0.052

PAM30

32767

32767

0.336

0.277

1.82

 

10

1

0.309

0.15

0.88

 

7

2

0.305

0.15

0.87

 

6

2

0.287

0.11

0.68

 

9

1

0.294

0.11

0.61

 

5

2

0.264

0.079

0.45

 

8

1

0.270

0.072

0.40

PAM70

32767

32767

0.328

0.222

1.11

 

8

2

0.301

0.12

0.54

 

11

1

0.305

0.12

0.52

 

7

2

0.286

0.093

0.43

 

10

1

0.291

0.91

0.41

 

6

2

0.264

0.064

0.29

 

9

1

0.270

0.060

0.28